16 世纪，当信奉伊斯兰教逊尼派的奥斯曼帝国在欧洲、北非继续扩张之时，紧邻它的东部地区崛起了一个新的伊斯兰国家，这就是位于今天伊朗的、信奉什叶派的萨非王朝。

建立

萨非王朝的基础是萨非教团与来自中亚的游牧部落的联合。13 世纪与 14 世纪之交，库尔德人萨非·阿丁（Safi ad-Din，1252—1334）在伊朗西南部创立了教团。1392 年以后，萨菲教团尊奉什叶派的十二伊玛目派（Twelver Shi'ah）

伊朗地处阿拉伯伊斯兰帝国的边缘，就语言、民族和文化而言，伊朗都自成一体。伊朗长期在政治和文化上抵制阿拉伯的征服，易于形成地方割据局面，也方便了作为反对派的什叶派的生存与发展。这些事实可以解释，为什么伊斯兰教什叶派一旦在伊朗本土化，且不再被视为阿拉伯的舶来品，伊朗人就较容易地接受了它。

查尔迪兰战役的失败，迫使萨非王朝的权力中心从东安纳托利亚退回到伊朗高原，并最终定都在伊斯法罕。查尔迪兰战役也基本上奠定了之后伊朗和土耳其势力的边界，直接影响了当代中东格局。

治理

萨非王朝建立之前，波斯人大多信奉逊尼派伊斯兰教。1501 年进入大不里士之后，伊斯迈尔就宣布将十二伊玛目派尊为官方宗教，实行强制皈依的政策，并在钱币上铸上什叶派的口号。与奥斯曼帝国不同的是，萨非王朝治下并没有人数可观的非穆斯林族群。萨非王朝一方面强调伊斯兰教的神权原则，另一方面继承了波斯帝国的政治传统，实行教俗合一的政治制度，国王兼有什叶派宗教领袖与世俗君主的双重权力。

在萨非时代的伊朗，什叶派的传统教法学派长期占据主导地位，强调伊玛目的绝对权威和宗教学者的从属地位，进而成为维护教俗合一体制下君主政治的理论工具。但在王朝末期，随着王权的衰微，新出现的教法学派倡导理性和创制的法律实践，否认世俗君主的宗教权威，进而主张什叶派穆斯林要绝对顺从教法学家，而不是顺从世俗君主，这使什叶派的宗教阶层迅速成长为一支重要的政治力量，并开始挑战王权，成为长期影响之后伊朗历史发展的一个重要因素。